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后来的历史作者能够对伯罗奔尼撒战争进行生动和充满细节的叙述，离不开修昔底德撰写的《伯罗奔尼撒战争史》。该书记述了公元前5世纪斯巴达和雅典之间的战争。修昔底德的生平所知不多，根据他自己的叙述，他参加过伯罗奔尼撒战争，经历过雅典瘟疫、以及因为一次战争失利被流放。

因为修昔底德对史料搜集和对因果分析方面严谨的态度，故被称为现实主义学派之父，该学派认为国家之间关系是由自身利益所构建的。认为无论是个体还是国家，其政治行为与其所引起的政治关系均建构于自我利益与恐惧感情上。修昔底德也通过自己的这套认知理论，在书中解释了诸如瘟疫、屠杀等灾难中人的行为。

《伯罗奔尼撒战争史》对早期的史学有许多贡献，他的许多原则成为今天史学写作的标准。其创新之一是以年为单位记录历史，包含战事激烈的夏季与活动较少的冬季，因此跨越数年的事件在书中会被分为数篇分开叙述，有时在书中会被分隔较远。这个方法和经常放飞自我的希罗多德的《历史》比起来有鲜明的差，希罗多德在年代中跳跃，使得频繁又迂回地导览，有时候看起来似乎和时间地点没有关系。

《伯罗奔尼撒战争史》的另一个特征是记录了战争中主要人物的演说。包含雅典和斯巴达双方将军在战前对部队的演说，和许多政治演讲，以及各方的辩论。其中伯里克利《致阵亡战士的演讲》已成为欧洲中学的语文读物。

一方面，约翰·伯里等学者将这部作品视为一部客观、科学的历史作品。伯里的评断反映了这种传统解释——“修昔底德严肃而超然，从纯粹的知识分子的角度写成，不受陈词滥调和道德判断的束缚，冷酷而批判”。

另一方面，有人认为古典时期的历史可以被解读为一篇文学作品，未必是对历史事件的客观记录。 这种观点体现在 W. R. Connor 的论述，他将修昔底德描述为“一位艺术家，他会回应、选择和巧妙地安排他的材料，并开发其象征和情感潜力”

哈佛大学政治学教授格拉汉姆在2012年金融时报发表了一篇探讨中美潜在冲突的文章，引用了伯罗奔尼撒战争史一句话︰“正是因为雅典的崛起引致斯巴达的恐惧，最终使战争不可避免。” 这个描述安全困境理论的案例后来有了专有名词——叫做修昔底德的陷阱，他后来在自己出版的书籍《注定一战？》Destined For War中再次明确了修昔底德陷阱的定义“当快速崛起的大国威胁了现有霸主时，便自然会发生不可避免的混乱，由此产生的结构压力使暴力冲突成为必然。”